Dal 2016 la Confcooperative Sicilia, prima suddivisa in Unioni Provinciali autonome, ha rivisto lo Statuto e adottando il modello di Unione Unica a carattere regionale, con sede a Palermo.
Per venire incontro alle esigenze delle cooperative nel territorio, ha istituito sedi territoriali in ogni Provincia.
Le sedi territoriali sono governate da un Consiglio Territoriale con a capo un Presidente.
La sede territoriale sviluppa specifica azione sindacale e di servizio, in coordinamento con Confcooperative regionale e nazionale.